Kiedy umarł, trumnę przewieziono na Wawel i przykryto flagą narodową. Została złożona na katafalku w Kaplicy Wazów, gdzie przez pięć dni była wystawiona na widok publiczny. „Logika życia tego człowieka wymaga, aby modlitwa za jego duszę popłynęła z wawelskiej Katedry” – powiedział 28 sierpnia 1974 roku podczas wielkiej Mszy Żałobnej ówczesny metropolita krakowski ks. kard. Karol Wojtyła. Podobno poważnie rozważano ewentualność złożenia prochów ministra i wicepremiera II Rzeczypospolitej, Eugeniusza Kwiatkowskiego, na Wawelu, lecz wobec informacji, iż życzeniem zmarłego było spocząć na cmentarzu Rakowickim obok ukochanego syna poległego nieszczęśliwie we wrześniu 1939 roku, od planów tych odstąpiono. W pamięci ludzi ten pogrzeb stał się wielką manifestacją patriotyczną, w której udział wzięło kilkadziesiąt tysięcy ludzi, choć ówczesne władze nie dopuściły do ukazania się nawet krótkiej wiadomości o jego zgonie, by już nie wspomnieć o jego życiorysie.
Lecz mimo to ludzie doskonale wiedzieli, kogo żegnają. „W tysiącletniej historii polskiej gospodarki – napisał znakomity Andrzej Romanowski – nikt nigdy nie dokonał tak wiele i tak mądrze, w czasie tak krótkim”. Dzisiaj w dniach stulecia odzyskania polskiej niepodległości dla Polaków zdaje się już nie ulegać wątpliwości, że jeśli to Piłsudski dał nam niepodległe państwo, on je wymyślił, on je urządził i on wywalczył i obronił jego granice, to Kwiatkowski odmienił oblicze tego państwa, przywracając po wojnie celnej z Niemcami równowagę budżetową, otwierając w Gdyni polskie okno na morze, budując flotę handlową, tworząc Warszawski i Centralny Okręg Przemysłowy, zmniejszając o połowę zmorę bezrobocia, budując wielką magistralę kolejową łączącą Śląsk z Wybrzeżem i wielki przemysł chemiczny. Oczywiście miał staranne wykształcenie, oczywiście był pracowity i sumienny, ale oprócz tego miał wszystkie cechy wielkości z odwagą, brakiem pokory i darem widzenia spraw w dalszej perspektywie. On tę Polskę, którą budował, mówili ci, którzy go znali, on tę Polskę wcześniej już zobaczył. 
Minister z przypadku
Jego historia zdaje się być zupełnie banalna. Urodził się w Krakowie. Jak wszyscy chłopcy w jego wieku, zaczytywał się w Trylogii Sienkiewicza. Studiował chemię we Lwowie i w Monachium, by uzyskać stopień inżyniera chemika. W roku 1913 objął odpowiedzialne stanowisko dyrektora gazowni w Lublinie. Co ciekawe, on, obywatel Galicji, przeniósł się na stałe do carskiego Lublina. Od 1916 roku, przez dwa lata, jako oficer walczył w legionach Piłsudskiego o Polskę, a gdy ta już nastała, został docentem na wydziale chemii Politechniki Warszawskiej. W 1923 roku ogłosił rozprawę „Zagadnienia przemysłu chemicznego na tle wielkiej wojny”. I pewnie za kilka lat świat polskiej nauki doczekałby się następnej i następnej bardzo ważnej rozprawy, gdyby inny chemik, profesor Ignacy Mościcki, nie zaproponował Kwiatkowskiemu funkcji dyrektora technicznego Państwowej Fabryki Związków Azotowych w Chorzowie. Zadanie to było o tyle trudne, że praktycznie żadna fabryka związków azotowych nie istniała, Niemcy bowiem, opuszczając Chorzów, wywieźli całe techniczne wyposażenie zakładu, a resztę rozkradli i zdewastowali. Współpraca Mościckiego i Kwiatkowskiego spowodowała, że po czterech miesiącach cudem odbudowana i wyposażona fabryka ruszyła, by po krótkim czasie podwoić produkcję osiąganą przez Niemców. Owe sukcesy i lata współpracy obu chemików związać miały ich przyszłe losy już na zawsze. 
W latach 1922–1923 nikomu się nie śniło, że cztery lata później, po zamachu majowym Piłsudskiego, profesor Ignacy Mościcki zostanie prezydentem Rzeczypospolitej Polskiej, a 8 czerwca 1926 roku zaproponuje inżynierowi Kwiatkowskiemu, do którego miał bezgraniczne zaufanie, funkcję ministra przemysłu i handlu w rządzie profesora Kazimierza Bartla. Tak zaczynała swoje życie legenda Eugeniusza Kwiatkowskiego. Gdynia, której budowę zapoczątkowano w 1920 roku, teraz błyskawicznie, dzięki energii nowego ministra, zaczęła się zmieniać z małej wsi w stutysięczne miasto z najnowocześniejszym portem. Już 2 lipca została podpisana dodatkowa umowa z Konsorcjum Francusko-Polskim przewidująca budowę drugiego basenu zewnętrznego przy współpracy firm belgijskich i duńskich, a następnie umowa dotycząca budowy trzeciego basenu zewnętrznego, drugiego wewnętrznego, pogłębienia całego portu do 12 metrów oraz zbudowania w głąb lądu dwukilometrowego kanału przemysłowego o głębokości 10 metrów. 
Przeładunek towarów w okresie jego urzędowania wzrósł z 400 tys. ton do 3,5 miliona ton. Na rok przed wybuchem wojny przeładunek Gdyni zwiększył się do 9 milionów ton i dystansował Gdańsk, którego przeładunek wynosił nieco ponad 7 milionów ton. Jednocześnie w 1929 roku została zakończona budowa gdyńskiego portu rybackiego, rozbudowano także małe porty w Pucku, Jastarni i na Helu. Ponadto Kwiatkowski powołał do życia polską marynarkę handlową („Żegluga Polska”) liczącą w przededniu wojny 71 jednostek i podjął budowę bezpośredniej linii kolejowej łączącej Górny Śląsk z Gdynią. 
W 1927 roku została zbudowana Fabryka Związków Azotowych w Mościcach oraz Fabryka Samochodów Ciężarowych „Ursus” wraz z odlewnią aluminium. Dzięki tym dokonaniom zrównoważono budżet. Kurs złotego niebezpiecznie zachwiany przed przewrotem majowym zmienił się z 11 zł do 8,91 za dolara. Rok 1926 dał nadwyżkę 53 milionów złotych, a rok 1927 nawet 276 milionów. Korzystając z ponad półrocznego strajku górników w Anglii, weszliśmy z naszym węglem na rynki skandynawskie, włoskie i bałkańskie. I tak nasz eksport węgla wzrósł z 3,5 mln ton do 10 mln ton w drugim półroczu 1926 roku. 
Dotkliwa niechęć marszałka
Eugeniusz Kwiatkowski zasiadał z teką ministra przemysłu i handlu w siedmiu kolejnych rządach, aż do 4 grudnia 1930 roku. Rzecz w tym, że nie lubił go Marszałek Piłsudski. Prawdę mówiąc, nikt nie wie dlaczego. Podobno chodziło o flirty Kwiatkowskiego z opozycją i nocne rozmowy, które odbywały się w domu ministra z ludowcami, socjalistami, a także narodowcami. Władysław Pobóg-Malinowski, który też nie przepadał za Kwiatkowskim, był zdania, że Piłsudski uważał go za świetnego organizatora takich akcji jak Chorzów, Gdynia czy Mościce, ale odmawiał mu jednak zdolności do działań na skalę państwową i jego tezy gospodarcze nazywał „absurdami”. Widział też Piłsudski, że prezydent Mościcki za bardzo ulegał wpływom Kwiatkowskiego i wpływy te oceniał jako szkodliwe. Zdarzyło się, że w sierpniu 1930 roku, w przededniu procesu brzeskiego, Marszałek wybuchnął gniewem na Kwiatkowskiego za jego rozmowy z ludowcami, a konkretnie za spotkania z Maciejem Ratajem. To miało się stać powodem jego usunięcia z rządu. Prezydent Mościcki napisał, że po 1930 roku parokrotnie próbował wprowadzić znowu Kwiatkowskiego do rządu, cofał się jednak, gdyż ze strony Piłsudskiego spotykał się w tych wypadkach tylko „z milczeniem, przy gniewnym ściągnięciu brwi...”. 
Z punktu widzenia ludzi rządzących wówczas Polską odwołanie Kwiatkowskiego nie było bez wątpienia decyzją szczęśliwą. Z naszego dzisiejszego punktu widzenia była to decyzja o tyle ważna, że dzięki niej wydana została w 1931 roku znakomita książka Kwiatkowskiego: „Dysproporcje – Rzecz o Polsce przeszłej i obecnej”. Praca ta to owoc jego wieloletnich przemyśleń nad przyczynami upadku I Rzeczypospolitej. Kwiatkowski zajął w niej zdecydowanie krytyczne stanowisko wobec „idealistycznej legendy o naszej przeszłości”. „Cała historia nasza – pisał – stała się coraz bardziej jedną wielką wiarą w epopeję bohaterstwa wobec niezawinionego cierpienia. Czerpaliśmy ducha jej chętniej z Trylogii… z bezsprzecznie bohaterskich epizodów przeszłości, niż z dokumentów przeszłości; zapleśniałych diariuszów sejmowych, z aktów konfederackich i sejmikowych, z rachunków kas skarbowych, sprawozdań wojskowych, z różnorodnych korespondencyj dyplomatycznych, a wreszcie z wielu przemilczanych lub przeoczonych dzieł wykazujących jasno błędy nasze i przewidujących ich skutki. W ten sposób pragnienie zastępować musiało rzeczywistość, celowość zajmowała miejsce obiektywizmu, prawda przesycona została legendą o charakterze dydaktyczno-narodowym. W obecnych nowych warunkach jedynym postulatem musi być poznanie prawdy. Tylko na niej można zbudować trwały i rzetelny gmach koniecznej reformy. Jest więc naszym obowiązkiem kłaść dziś na stalowe kowadło historię naszej przeszłości i bić, bić weń bez przerwy stupudowym młotem prawdy. Niech wszelka złuda, legenda, dekoracja, wszelkie sztuczne wyidealizowanie odpadną i rozprysną się w gruz i strzępy. Niech pozostanie choćby najbardziej gorzkie ziarno prawdy”.
Wielki reformator
W kilka miesięcy po śmierci Józefa Piłsudskiego inżynier Eugeniusz Kwiatkowski mógł już bez przeszkód powrócić do rządu. Najpierw 13 października 1935 roku jako minister finansów w rządzie Mariana Zyndrama-Kościałkowskiego, a następnie w rządzie tworzonym przez generała Sławoja Składkowskiego. Zapisał on w swych wspomnieniach: „13 maja 1936 roku wezwany zostałem do generała Śmigłego-Rydza i nominowany na premiera… Wobec dotychczasowych prac nad życiem gospodarczym państwa, minister Kwiatkowski wejdzie do mego gabinetu jako wicepremier gospodarczy z zadaniem koordynowania prac finansowych i gospodarczych Rządu i prowadzeniem Komitetu Ekonomicznego Ministrów. Jest to warunek postawiony przez Pana Prezydenta, wynikający z wyjątkowego zaufania, które w sprawach gospodarczych pokłada w ministrze Kwiatkowskim oraz konieczności szybkiej poprawy życia ekonomicznego Polski”. 
Kwiatkowski osiągnął nie lada sukces. Przede wszystkim zlikwidował deficyt budżetowy i podjął obronę rezerw złota i kursu walut w czasie wiosennej paniki 1936 roku spowodowanej dewaluacją dolara. Wprowadził kontrolę dewiz, dzięki czemu zmniejszył odpływ złota z Banku Polskiego. Następnie zrównoważony został budżet państwa. Podniosły się także obroty handlu zagranicznego. Lecz to, co zbudowało legendę Kwiatkowskiego, to uprzemysłowienie biednego i przeludnionego rejonu w widłach Wisły i Sanu. Krytycy napiszą po latach, że od dawna już w sferach wojskowych powstał plan stworzenia wielkiego ośrodka przemysłu wojennego w tzw. trójkącie bezpieczeństwa, którego autorstwo iure caduco przywłaszczył sobie Eugeniusz Kwiatkowski. Jak by nie było, 5 lutego 1937 roku ogłoszono budowę Centralnego Okręgu Przemysłowego. Na przestrzeni 60 tys. kilometrów kwadratowych zaludnionych przez 6 milionów mieszkańców powstały: huta z fabryką armat w Stalowej Woli oraz fabryki – samolotów w Mielcu, silników lotniczych w Rzeszowie, amunicji w Kraśniku, zakłady w Dębicy, Sanoku, Skarżysku Kamiennej, Ostrowcu Świętokrzyskim, Radomiu i Tarnowie. W sumie w nowych zakładach przemysłowych pracę znalazło ponad 110 tysięcy ludzi. 
Co w Polsce zdaje się nieuchronne, wraz z sukcesami pojawili się nienawistnicy. „Prezydent we wszystkich sprawach popierał Kwiatkowskiego – notuje Pobóg-Malinowski – mimo woli podsycając w nim ambicje i wzmacniając jego, dla wielu przykry w formach, apodyktyczny stosunek do ludzi… Kwiatkowski zresztą ze swoimi ambicjami »dusił się« w zbyt szczupłych ramach stanowiska wicepremiera i niecierpliwie wyczekiwał z nadzieją, że sam stanie na czele nowego gabinetu”. „Śmigły-Rydz nie godził się jednak na oddanie rządów Kwiatkowskiemu – pisze dalej Pobóg – wskazując, że prezydentowi dobrze wiadoma opinia Piłsudskiego o Kwiatkowskim była zdecydowanie negatywna”. Rzecz w tym, że w historii nie ma żadnych przesłanek, które świadczyłyby o jakichkolwiek zamiarach i planach wicepremiera Kwiatkowskiego przejęcia władzy czy choćby najmniejszej nielojalności wobec premiera, prezydenta lub Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych. Są natomiast wyraźne ślady zniesmaczenia i zniecierpliwienia rodzimymi formami uprawiania polityki. Przemawiając w Poznaniu 30 października 1938 roku, Kwiatkowski pozwolił sobie na wypowiedzenie kilku zdań otwartym tekstem; „Narody skłócone, uzbrojone do walki wewnętrznej w broń insynuacji, oszczerstw i złej woli, których linię podziału stanowią nazwiska małych rozdętych ambicji ludzi, których najwyższym gatunkiem radości jest klęska ich wewnętrznych przeciwników, które ponad elementy pozytywne przenoszą zawsze hasła negacji i bojkotu, które zatraciły zdolność zapomnienia błędów przeszłości, a nie dostrzegają własnych narodowych osiągnięć i zdobyczy w teraźniejszości, takie narody nie mogą liczyć w przyszłości na nic innego, jak tylko druzgocącą klęskę i podeptanie ich wolności i ich honoru”. Wicepremier Kwiatkowski prowadził swoją własną, trudną i doniosłą grę – utrzymywał już po wojnie prof. Czesław Bobrowski, który go dobrze znał – grę, która nie pozwalała mu na przeciwstawianie się wojsku. A jednak się przeciwstawiał. Gdy 30 września 1938 roku na Zamku zapadały decyzje w sprawie marszu na Zaolzie, jedyną osobą, która podniosła zastrzeżenia był „minister skarbu”. Pisze o tym sam Eugeniusz Kwiatkowski w niewielkiej, lecz niezwykle ważnej wspomnieniowej książeczce „W takim żyliśmy świecie”. Nie podaje swojego nazwiska, operuje funkcją ministra skarbu. Lecz to on w tych dniach tę funkcję piastował. Zwraca uwagę na wyjątkowo nieodpowiednią chwilę interwencji na Zaolziu stwarzającą pozory merytorycznego i taktycznego współdziałania z agresorem hitlerowskim. Ostrzega też przed niebezpieczeństwem interwencji Związku Radzieckiego związanego przecież układem o warunkowej pomocy dla Czechosłowacji. Lecz ani Śmigły ani Beck nie podejmują w tej sprawie najmniejszej dyskusji. 
Podobne konflikty budziła sprawa tzw. planowanej inflacji, której domagał się Śmigły, jeśli mielibyśmy wytrzymać wyścig zbrojeń z Niemcami. 3 grudnia 1938 roku w tej właśnie sprawie zaatakował Kwiatkowskiego, podczas posiedzenia Izby, wicemarszałek Sejmu pułkownik Zygmunt Wenda. Zdarzenie nosiło wszelkie cechy prowokacji i tylko mediacji premiera Składkowskiego można zawdzięczać, że cała ta historia nie skończyła się rezygnacją Kwiatkowskiego, który bezskutecznie próbował wyjaśnić Śmigłemu, że jesteśmy młodym państwem z ludnością niewyrobioną ekonomicznie. Wzrastający dobrobyt Polski opiera się między innymi na oszczędnościach ubogich i średniozamożnych ciułaczy. Inflacja – argumentował – załamanie wartości, ciężko, „krwawo” uciułanego złotego zachwiałaby odpornością i wiarą społeczeństwa w siłę i uczciwość państwa. Wtedy bylibyśmy rozbici i zniszczeni jeszcze przed wejściem do wojny. Lecz Śmigły nie słuchał. Każdą wątpliwość w walory armii i jej dowództwa traktował jako defetyzm, a każdy głos sprzeciwu wobec swoich ocen i opinii jako nieledwie bunt. I tak, jak to dobrze pamiętał Kwiatkowski, marszałek Śmigły-Rydz, jeszcze stojąc w tragicznych dniach września w Kutach i Kołomyi nad granicą rumuńską, twierdził, że „możemy się bronić sami jeszcze pół roku, ale przyjdzie nam spędzić tu w Kutach całą zimę”. Kilka dni później wszyscy zostali internowani w Rumunii. 
„Kariera” w Polsce Ludowej
Nigdy – pisze Andrzej Romanowski – nie wyjaśnił przyczyn, dla których w 1945 roku zdecydował się wrócić do podbitego przez Stalina kraju. Nigdy nie wytłumaczył, dlaczego nie pozostał na emigracji. Swoim powrotem i zadeklarowaną lojalnością wobec narzuconych władz wprowadził przecież do obozu niepodległościowego spore zamieszanie. A nawet większe niż spore, jeśli Janusz Jędrzejewicz nazwie tę jego decyzję dezercją, a nawet „ po prostu i wyraźnie nikczemnością”. W świetle tyleż romantycznej, ile mało prawdopodobnej legendy, gdy przyjechał po niego major Jerzy Borejsza i powiedział: „inżynierze Kwiatkowski, już czas, Polska czeka”, Kwiatkowski miał tylko wyszeptać: „Boże… nareszcie!”. Borejsza miał mu pozostawić dwa dni na decyzję, ale jak utrzymują córki „ojciec nie potrzebował na zastanowienie ani chwili, bo o niczym innym nie marzył, jak o powrocie do Polski”. Jednocześnie historia dysponuje listem wicepremiera Kwiatkowskiego z dnia 10 kwietnia 1960 roku do Janusza Rakowskiego, swego byłego dyrektora gabinetu: „Dziś pragnę dodać garść informacji o sobie, aby przerwę czasu zasypać. W roku 1945 dwukrotnie podejmowano ze mną rozmowy na temat powrotu do kraju. Zasięg możliwości mojej woli był ograniczony… Ustaliłem w końcu, że wracam i mam się zająć stroną techniczno-gospodarczą odbudowy zrujnowanego do cna wybrzeża morskiego. Miałem być wolny od wszelkich świadczeń. Z opiekunem, ale bez rodziny, drogą lotniczą, dość okrężną – przez Odessę i Charków, w ciągu półtorej doby przejechałem z Bukaresztu do Warszawy”.
Jak wiadomo, Eugeniusz Kwiatkowski 12 września 1945 roku objął kierownictwo Delegatury Rządu ds. Wybrzeża, a w 1947 roku wybrany został posłem na Sejm. Pisał do Janusza Rakowskiego: „Na Wybrzeżu z małym personelem przeprowadziłem kilkaset akcji inwestycyjno-remontowych w ciągu dwóch lat”. I tak, dzięki temu, jeśli w 1945 roku Gdynia i Gdańsk przeładowywały 917 ton towarów, to w 1947 roku już 10 milionów ton. „Wówczas – pisał dalej do Rakowskiego – zostałem postawiony wobec wymagań, które musiałem odrzucić”. Nie pisze o tym ani słowa, ale podobno Jakub Berman zaproponował mu wstąpienie do partii. „Wobec tego wszystkie moje funkcje zostały zlikwidowane – pisał dalej. – W konsekwencji licznych faktów musiałem przenieść się do Krakowa”. Nie pozwolono mu więc pozostać na ukochanym Wybrzeżu. Podobnie jak nie pozwolono mu zamieszkać w Warszawie. Wykładał też w szkole nauk politycznych, ale niebawem te wykłady zostały skasowane. Żył z żoną z głodowej emerytury, dorabiając pisaniem specjalistycznych naukowych książek z zakresu chemii. Dopiero w 1956 roku Gomułka przyznał Eugeniuszowi Kwiatkowskiemu emeryturę specjalną dla zasłużonych i od tego czasu łatwiej było mu żyć. Można też było spod Hrubieszowa przenieść szczątki syna na cmentarz Rakowicki. Milczał, nie udzielał wywiadów, nie pisał wspomnień. Jedyne, co powiedział głośniej, tak, aby cała Polska usłyszała, to odpowiedź na pytanie, czy zgodziłby się objąć stanowisko ministra przemysłu chemicznego: „Nie zgadzam się. Umiem zrobić jajecznicę z jajek, ale nie umiem zrobić jajek z jajecznicy”.