O żonie Zygmunta Starego powiedziano i napisano wiele. Zwykle niezbyt dobrze, powtarzając rozpowszechniane od kilku wieków plotki i paszkwile. Siła, z jaką oczerniano tę najbardziej wyrazistą polską królową, jest wprost proporcjonalna do jej aktywności politycznej i gospodarczej, która zasadniczo była w pełni zgodna z tym, co dzisiaj nazywamy polską racją stanu. Oszczerstwa na jej temat produkowali głównie jej przeciwnicy – Habsburgowie i Hohenzollernowie oraz współpracujący z nimi polscy magnaci. „O cyniczne wyzyskiwanie Polski oskarżono kobietę, która usiłowała naprawić nasz skarb, inwestując własne pieniądze rodowe, gotowa była zamienić dobra italskie na Śląsk” – słusznie ubolewał Paweł Jasienica w „Polsce Jagiellonów”. Z drugiej strony Bona ułatwiała swoim przeciwnikom działania, będąc kobietą charakterną, czasami wręcz despotyczną – politykiem i królową z krwi i kości, choć niezbyt dobrze rozumiejącą wszystkie niuanse ustroju Rzeczypospolitej. Popełniała także błędy, lecz bilans słusznych i niesłusznych działań jest z pewnością dodatni.
Rodowód
Matką Bony była Izabela z bardzo starej i zasłużonej hiszpańskiej dynastii Aragonów, władających od 1442 r. Neapolem, ojcem zaś książę Mediolanu, słaby i zdegenerowany Giangaleazzo Sforza. Pierwsze osiem lat życia przyszłej polskiej królowej było bardzo burzliwe, tak jak burzliwe były wtedy losy jej rodziny i całych Włoch. Bona bacznie obserwowała, co dzieje się wokół niej – wojny, intrygi, skrytobójstwa, skandale, ucieczki matki przed morderczymi krewnymi – i zapamiętywała, że nie można ufać nikomu (no może poza matką, którą bardzo szanowała i z którą utrzymywała stały listowny kontakt, nawet po wyjeździe do Polski), trzeba liczyć wyłącznie na siebie, bo zwyciężają tylko sprytniejsi i bogatsi. „Ojczyzną Bony był kraj bankierów i przedsiębiorczych kupców, bezwzględnych polityków i genialnych myślicieli, wielkich artystów i uczonych kobiet o męskich charakterach. Ziemia, na której się wychowała, określiła w sposób zdecydowany osobowość przyszłej królowej” – czytamy w biografii Bony skreślonej ręką prof. Marii Boguckiej.
Rodzeństwo przyszłej królowej Polski zmarło przedwcześnie, a Bona została jedyną dziedziczką księstwa Bari i Rossano, a także innych dóbr matki. Od najmłodszych lat była więc kształcona i wychowywana nie na przykładną żonę i matkę, ale na samodzielnie myślącą władczynię: świetnie mówiła po łacinie, znała historię, prawo, geografię, matematykę, teologię, dobrze tańczyła i grała na wielu instrumentach, uwielbiała także jazdę konną i polowania. Choć pomysłów na jej zamążpójście było co niemiara, ostatecznie została wyswatana przez cesarza Maksymiliana I Habsburga z owdowiałym i dużo starszym od niej królem polskim Zygmuntem I. Ślub i koronacja Bony odbyły się 18 kwietnia 1518 r. w Krakowie, a Habsburgowie nawet nie przypuszczali, jaki popełnili błąd.
Niewłaściwe role 
Osobowość męża Bony, Zygmunta Starego, doskonale podsumował Paweł Jasienica: „Cechowała (go) skłonność nie do kompromisów, które osiągać potrafią jedynie tęgie charaktery, lecz ustępstw (…). Byłby znakomitym administratorem prowincji albo podskarbim. Jako król ucieleśniał ideał niewłaściwego człowieka na niewłaściwym miejscu”. Bona była jego przeciwieństwem – zawsze myślała dalekowzrocznie i od razu działała. Szybko odkryła, w jaki sposób wpływać na króla, aby uzyskać to, co chciała – prośbą, groźbą, płaczem, krzykiem czy przymilnym słowem lub po prostu argumentem nie do zbicia dla niezbyt lotnego intelektualnie męża. „Król J.M. nie ma własnej woli, tak jest na wędzidle trzymany. Wszystko ma w ręku swoim królowa Bona. Ona jedna całym państwem rządzi, wszystkim rozkazy daje i tak już naprzykrzyła się wszystkim przedniejszym panom i szlachcie, że ledwie potrafią znieść ją do końca życia starego króla” – relacjonował w 1543 r. Jan Marsupin. Niechętny jej dyplomata i agent habsburski z pewnością przesadzał, ale coś musiało być na rzeczy. 
Bona szybko zrozumiała, że w Polsce nie da się prowadzić polityki w taki sposób jak na Zachodzie, szczególnie jeśli jest się białogłową. „Zorientowała się, że może rządzić tylko drogą pośrednią, z jednej strony urabiając opinie i decyzje męża, z drugiej – wpływając na wysokich dygnitarzy i urzędników królestwa” – pisze prof. Bogucka. Stąd podjęta przez nią akcja obsadzania ważnych urzędów duchownych i świeckich swymi stronnikami. Popierali ją m.in. Piotr Kmita, Andrzej Krzycki i Piotr Gamrat. Bona uzyskała od papieża Leona X prawo obsadzania 15 beneficjów w różnych kościołach katedralnych, Zygmunt tylko w 5. Nawet jeśli niektórzy protegowani Bony nie spełnili pokładanych w nich nadziei, to Zygmunt był prawdziwym mistrzem w otaczaniu się złymi doradcami. Najlepszym tego przykładem są kariery Piotra Tomickiego i Krzysztofa Szydłowieckiego, których można uznać za jednych z większych szkodników w historii Rzeczypospolitej. 
Taka królowa nie mieściła się w polskiej obyczajowości i mentalności ówcześnie rządzących, co z góry nastrajało do niej niechętnie nie tylko magnaterię, ale także masy szlacheckie, które właśnie wtedy przeżywały najświatlejszy moment w historii Polski i współpraca z nimi była kluczem do reformy państwa. „Program wzmocnienia dynastii przeprowadzała Bona nie w sojuszu ze szlachtą przeciw magnaterii, lecz wbrew szlachcie, wbrew większości magnaterii, z bardzo nielicznymi, jednostkowymi sprzymierzeńcami” 
– słusznie zauważa Bogucka. To się nie mogło udać. Królowa aktywnie działała także na polu polityki zagranicznej państwa, starając się o przywrócenie Polsce mocarstwowej roli w środkowo-wschodniej Europie, utraconej po zjeździe wiedeńskim w 1515 r.
Zewnętrzni wrogowie
Cele polityki zagranicznej Bony były następujące: osłabienie zgubnej „przyjaźni” łączącej Jagiellonów z Habsburgami i Hohenzollernami, oparcie polityki na sojuszu z Francją i unikaniu konfliktu z Turcją, przy jednoczesnym prowadzeniu umiejętnej i aktywnej „wielkiej gry” na terenie Czech i Węgier, aby nie dopuścić do zagarnięcia tej spuścizny jagiellońskiej przez Habsburgów. Bardzo dbała także o swoje włoskie posiadłości Bari i Rossano, używając ich jako karty przetargowej na arenie międzynarodowej. 
Jednym z największych błędów popełnionych przez Zygmunta Starego była decyzja o sekularyzacji Prus Książęcych z 1525 r. Zamiast ostatecznie zlikwidować to groźne państewko, które w przyszłości zadało śmiertelny cios Rzeczypospolitej Obojga Narodów, a w końcu przekształciło się w Cesarstwo Niemieckie i III Rzeszę odpowiedzialne za wybuch obu wojen światowych, ugodowy król, wskutek intryg Tomickiego i Szydłowieckiego, nie dobił przegranych Krzyżaków, lecz zgodził się na nieszczęsny hołd pruski. Zasługą Bony było to, że w kolejnych dziesięcioleciach starannie pilnowała, aby jej mąż nie robił już tak niewybaczalnych błędów politycznych. To dzięki jej nieustępliwości w pierwszej połowie XVI w. nie doszło (jeszcze) do śmiertelnie groźnego dla Polski połączenia pod berłem jednego władcy obu domen rządzonych przez Hohenzollernów, czyli Brandenburgii i Prus Książęcych. 
Po śmierci Ludwika Jagiellończyka pod Mohaczem w 1526 r. Bona namówiła męża do wysunięcia własnej kandydatury na trony czeski i węgierski, wbrew Habsburgom. Niestety posłowie polscy spóźnili się. Czesi wybrali Ferdynanda Habsburga, a Węgrzy Jana Zapolyę. Królowa poparła tego ostatniego, za którego wydała swą najstarszą córkę Izabelę i później za jej pośrednictwem prowadziła aktywną politykę w Siedmiogrodzie. Bona starała się także o utrzymywanie dobrych stosunków z Imperium Osmańskim i kontaktowała się z Roksolaną, najważniejszą żoną Sulejmana Wspaniałego. 
Rodzina z problemami
Małżeństwo Bony i Zygmunta Starego było trudne, ale dosyć udane. Król zwykle ustępował żonie i dzięki temu znajdował z nią wspólny język, choć potrafiła mu urządzać karczemne awantury. Był dumny, że dała mu zdrowe dzieci. Dzięki Bonie Zygmunt August i jego siostry otrzymali staranne humanistyczne wykształcenie, ale matka nierównomiernie rozłożyła uczucia: kochała tylko Izabelę i Zygmunta Augusta. Reszta się nie liczyła. Nie zadbała nawet o wydanie trzech córek – Zofii, Anny i Katarzyny – dobrze za mąż, pozostawiając je na łasce obojętnego brata.
23 września 1527 r. doszło do tragedii, która miała znaczący wpływ na dalsze dzieje Rzeczypospolitej. Królowa znów była przy nadziei, ale w czasie polowania urządzonego w Puszczy Niepołomickiej w wyniku ataku rozszalałego niedźwiedzia spadła z konia i poroniła. Co gorsza syna, naprędce ochrzczonego imieniem Olbracht. Los państwa i przede wszystkim dynastii, rzeczy dla Bony priorytetowych, zawisł na wątłej nici życia jedynego syna Zygmunta. Być może to tłumaczy nadopiekuńczy stosunek, jaki miała później w stosunku do niego. A jak wiadomo, takie toksyczne układy zwykle kończą się źle. Zygmunt August, gdy dojrzał, za wszelką cenę starał się zerwać tę ciążącą mu więź i oddalał uczuciowo od matki. 
Bona była dobrą żoną i matką, ale niewątpliwie koszmarną teściową. Nie było w tym jednak przypadku. Królowa bardzo słusznie uważała, że wszystkie małżeństwa Zygmunta Augusta, zarówno te aranżowane, z przedstawicielkami dynastii Habsburgów, jak i to zawarte z miłości, z Barbarą Radziwiłłówną, były fatalne z punktu widzenia racji stanu i dobra dynastii. Szczególnie ten ostatni związek Bona uważała za zbrodnię polityczną – wyłamanie się króla z surowych, aczkolwiek koniecznych reguł obowiązujących monarchów. Była w tym zgodna z mężem, a także, co rzadkie, z sejmem. Zygmunt August nigdy jej tego nie wybaczył, podejrzewał ją nawet o otrucie ukochanej żony, choć w rzeczywistości zmarła ona na chorobę weneryczną. 
Podstawową troską Bony w pierwszych latach jej panowania było wprowadzenie zasady dziedziczności tronu. Dzięki sprytnym zabiegom doprowadziła do elekcji Zygmunta Augusta w trybie vivente rege, czyli jeszcze za życia ojca, ale był to sukces doraźny, nie rozwiązywał kompleksowo problemu dziedziczenia tronu, a wręcz go jeszcze bardziej skomplikował. Szlachta zgodziła się bowiem na taką elekcję, ale jednorazowo, zabezpieczając się na przyszłość przed podobnymi niespodziankami. Sejm koronacyjny uchwalił, że na przyszłość króla obierać się będzie nie inaczej niż po śmierci poprzednika, i to na specjalnym zjeździe, „ażeby każdy, kto chce, mógł nań przybyć”. Była to zapowiedź kolejnej epoki – królów elekcyjnych.
Bizneswoman na tronie
Bona doskonale zdawała sobie sprawę, że fundamentem każdej rzeczywistej polityki są pieniądze – dlatego wszelkimi sposobami starała się zapełnić pustawy skarb monarszy. „U was dukaty leżą na gościńcach, schylić się jeno, ażeby je zebrać. Nikt nie chce? Tym lepiej dla mnie” – mawiała. Kiedy tylko mogła, wykupywała ziemie państwowe, dzierżone od lat przez magnatów tytułem zastawu. Dobra te od razu wstępowały w erę prosperity. Bona wszechstronnie dbała o ich rozwój: wprowadzała nowe rodzaje upraw, podnosiła poziom higieny, zarządzała spisy ludności i zastanego majątku, aby następnie przeprowadzić reformy fiskalne, w większości przypadków zmieniające daniny w naturze na czynsze. Na Litwie ogromne znaczenie miała reforma agrarna zainicjowana przez Bonę, zwana pomiarą włóczną. Jej rezultatem był m.in. znaczny, nawet czterokrotny wzrost dochodów skarbu wielkoksiążęcego na Litwie. Wydawała przywileje lokacyjne, targowe i jarmarczne, zwalniała mieszczan z podatków, fundowała szpitale, rozwijała szkolnictwo. W swoich dobrach wybudowała wiele mostów i kanałów i poprawiła stan dróg, założyła również własne przedsiębiorstwo wypalające popiół i przygotowujące smołę i potaż. 
W 1545 r. Bona zamieniła swoje majątki z oprawy na liczne królewszczyzny w Mazowieckiem. „Przejmowała królewszczyzny nierzadko w stanie zupełnej dewastacji i ruiny; w momencie odjazdu królowej do Włoch wszystkie jej majętności znajdowały się w rozkwicie” – zauważa Maria Bogucka. W wielu mazowieckich miasteczkach, np. wokół zamku w Czersku, pojawiły się dobrze prosperujące winnice. To właśnie za czasów Bony nastąpił rozwój prowincjonalnej Warszawy, która w ciągu niespełna 50 lat została stolicą. 
Bona nie wprowadziła do Polski renesansu, ale skutecznie go utrwaliła. Zawdzięczamy jej m.in. upowszechnienie w Polsce kultury muzycznej i rozwój teatru. To ona zreorganizowała nadworną kapelę, przekształcając ją w wybitny zespół. Ściągnęła z Włoch bardzo dobrych muzyków i kompozytorów. Zainicjowała tworzenie jednej z najbogatszych w Europie kolekcji arrasów, wzbogaciła też polską kuchnię, wprowadzając do dworskiego menu nieznane wcześniej warzywa, tzw. włoszczyznę: pomidory, karczochy, fasolę szparagową, brokuły, marchew, sałatę czy szpinak.  
Na Mazowszu gospodarzyła osiem lat. Gdy zrozumiała, że porozumienie z nienawidzącym ją synem nie będzie możliwe, w 1556 r. zdecydowała się na wyjazd z Polski do rodzinnego Bari. Już rok później, w listopadzie 1557 r., została otruta przez swego zaufanego dworzanina Jana Wawrzyńca Pappacodę, pracującego dla Habsburgów, którzy w ten sposób uniknęli spłaty wysokiej pożyczki, jakiej Bona udzieliła królowi Hiszpanii Filipowi II (słynne sumy neapolitańskie) i dodatkowo dzięki sfałszowaniu jej testamentu przejęli Bari i Rossano. Prawowity dziedzic, czyli król Polski Zygmunt August, przez wiele lat starał się odzyskać majątek matki, ale bezskutecznie. Nic nie dały także późniejsze procesy wytaczane przez stronę polską.
Początkowo Bona nie została nawet godnie pochowana – drewnianą trumnę z jej zwłokami ustawiono w zakrystii w kościele św. Mikołaja w Bari. Dopiero wiele lat później, w 1593 r., doczekała się godnego swojej pozycji nagrobka, który ufundowała jej córka Anna Jagiellonka, a wykonał Santi Gucci.